Door het tekort aan activiteit van het enzym glucocerebrosidase bij de ziekte van Gaucher ontstaat er een opstapeling van glucocerebroside, een vet-suiker, in cellen van het lichaam die normaal gesproken de afbraak van die stof moeten verzorgen. Dit zijn macrofagen, die door hun typische aspect ook wel Gaucher cellen worden genoemd. Deze macrofagen zijn vooral te vinden in de lever, milt en beenmerg. Daarom zijn de symptomen van Gaucherpatiënten ook meestal gerelateerd aan deze organen. De milt kan heel groot worden, evenals de lever, en de stapeling in het beenmerg leidt uiteindelijk tot allerlei botklachten. Door de stapeling van glucocerebroside kunnen de organen allerlei klachten en pijn geven. Deze klachten kunnen per patiënt sterk verschillen.

Er zijn drie verschillende typen van de ziekte van Gaucher, maar deze indeling is vrij grof. Met name binnen type 1 en type 3 zijn er grote verschillen in de ernst van de symptomen en de leeftijd waarop de ziekte zich openbaart. Wel kan gesteld worden dat bij patiënten met Gaucher type 1 de verstandelijke vermogens over het algemeen niet zijn aangetast door de ziekte en bij type 2 en 3 wel.

Type 1 - Chronische of volwassen vorm
Kenmerkend voor Gaucher type 1 is dat de hersenen niet zijn aangetast door de ziekte. De lichamelijke symptomen kunnen echter sterk uiteenlopen. In het gunstigste geval krijgen patiënten pas klachten op late tot zeer late leeftijd of blijven ze volledig zonder symptomen en komt hun ziekte bij toeval door familie-onderzoek aan het licht. De gemiddelde leeftijd waarop deze milde patiënten gediagnosticeerd worden is rond de 30 jaar, maar sommigen zijn ruim boven de zestig voordat ze klachten krijgen. Aan de andere kant zijn er ook ernstig aangedane type 1 patiënten. Deze krijgen op de kinderleeftijd al te maken met een extreem vergrote lever en milt, waardoor ze een bolle buik hebben. Vaak is er door de grote milt een versterkte bloedafbraak, met bloedarmoede en stollingsstoornissen tot gevolg. Ook hebben ze vaak duidelijke skeletafwijkingen, waardoor ze een groeiachterstand kunnen hebben. Ook allerlei variaties van de ziekte tussen deze twee uitersten zijn mogelijk.

Enkele veel voorkomende symptomen bij de ziekte van Gaucher zijn:
- Neiging tot bloeden, vaak veroorzaakt door een te sterke afbraak van bloedplaatjes door de milt;
- Bloedarmoede, door verhoogde afbraak van rode bloedcellen in de grote milt;
- Vergrote milt, soms zo groot dat hij de hele buikholte vult;
- Vergrote lever met meestal een normale leverfunctie;
- Botproblemen, zoals vervormingen, pijn, poreuze en gemakkelijk brekende botten en zogenaamde botcrisen: hevige pijn in een bot met tekenen van ontsteking.

Minder vaak voorkomende symptomen zijn:
- leverfibrose (verbindweefseling van de lever) met gestoorde leverfunctie;
- hoge druk in de longvaten (pulmonale hypertensie);
- kortademigheid door afwijkingen in de longen.

Type 2 – Acute neuronopathische of infantiele vorm
Bij Gaucher type 2 zijn er verschillen in de leeftijd waarop de symptomen voor het eerst verschijnen, maar het verloop van de ziekte is vrijwel altijd hetzelfde. Deze kinderen worden meestal zonder herkenbare afwijkingen geboren en ontwikkelen zich in de eerste maanden schijnbaar normaal. Binnen zes maanden beginnen ze echter achteruit te gaan.
Vaak is het eerste teken van de ziekte dat de kinderen problemen met hun oogbewegingen krijgen. Ze gaan scheelzien, of zijn niet meer in staat hun ogen te bewegen (om een bewegend object te volgen). Al snel krijgen de kinderen meer symptomen, zoals stijfheid van de ledematen, epileptische aanvallen en sterke spierspanning in de nek. Kenmerkend is ook dat de organen vaak ernstig zijn aangedaan door de ziekte. De kinderen kunnen een opgezette, bolle buik hebben doordat hun lever en milt sterk vergroot zijn.
De meeste kinderen overlijden voordat ze twee jaar oud zijn, vaak als gevolg van een combinatie van neurologische en longproblemen.

Type 3 - Subacute neuronopathische of juveniele vorm
De ernst en aard van de symptomen bij Gaucher type 3 zit tussen de beide andere typen in. Vaak zijn de organen aangetast door de ziekte, met een sterk vergrote lever en milt en een bolle buik tot gevolg. De hersenen en zenuwen zijn ook aangetast, wat dezelfde neurologische achteruitgang geeft als bij type 2, maar vaak begint het later en is het verloop langzamer. Ook hier zijn afwijkingen in de oogbewegingen vaak het eerste symptoom. Daarnaast krijgen de kinderen een achterstand in hun geestelijke ontwikkeling en soms stuipen. De skeletziekte kan ook ernstig zijn. Een specifiek symptoom is het ontstaan van een knik in de wervelkolom (thoracale kyfose).
De eerste verschijnselen van de ziekte treden op vanaf een leeftijd van één jaar en soms ook later. De kinderen komen vaak jong te overlijden. De meeste sterven voor of in hun puberteit aan longproblemen of progressieve neurologische verschijnselen.