Een defect in het pyruvaat dehydrogenase complex is niet te genezen. Wel is het mogelijk om met behandeling de symptomen enigszins in te perken. Patiënten met deze ziekte kunnen levensbedreigend 'verzuren' als zij teveel koolhydraten (suikers) binnenkrijgen. Een dieet met weinig koolhydraten en veel vetten zorgt er meestal voor dat de melkzuurwaarden in het bloed normaler worden en dat de conditie van de patiënt verbetert. Dit wordt een ketogeen dieet genoemd. Daarnaast krijgen de patiënten vaak medicijnen en vitaminen om hen in optimale conditie te houden. Hoge doses vitamine B1 (Thiamine) kunnen de restfunctie van het enzym bij sommige patiënten met PDHC-deficiëntie verbeteren.
Ondanks deze behandelingen heeft de ziekte vaak een progressief karakter. Dat wil zeggen dat de ziekteverschijnselen langzamerhand steeds erger worden.