Als het vermoeden bestaat dat een patiënt sialidose (of een andere oligosaccharide stapelingsziekte) heeft, kan de urine getest worden. Als daarin veel korte eiwit- en suikerketens zitten, is dat een bevestiging van dat vermoeden. Voor de precieze diagnose moeten artsen de enzymactiviteit meten in witte bloedcellen van de patiënt. Als er in de witte bloedcellen weinig of geen activiteit wordt gemeten van het enzym neuraminidase, is de diagnose dat de patiënt sialidose heeft.
Soms is het moeilijk om onderscheid te maken tussen sialidose en galactosialidose, omdat ook bij die ziekte de activiteit van neuraminidase (vrijwel) afwezig is. Daarom wordt er ook gekeken naar de activiteit van het enzym β-galactosidase. Als er van beide enzymen weinig activiteit wordt gemeten, is de diagnose galactosialidose.

Het is mogelijk om prenataal onderzoek te laten verrichtten wanneer er eerder een kind met sialidose in de familie geboren is. Dit is echter geen routineonderzoek, vanwege de zeldzaamheid van de ziekte.