Patiënten met alkaptonurie hebben geen symptomen als kind. Het enige opvallende verschijnsel dat vanaf de vroege jeugd aanwezig kan zijn, is dat de urine van alkaptonuriepatiënten donkerbruin verkleurt als het enige tijd aan de lucht wordt blootgesteld. Omdat niemand zijn urine zomaar een tijdje laat staan, leidt dit gegeven vrijwel nooit tot ontdekking van de ziekte. Wel wordt de ziekte soms bij zeer jonge kinderen ontdekt, doordat hun natte luiers donkerbruin kleuren.
De meeste patiënten vertonen rond hun dertigste levensjaar pigmentvorming in hun oogbollen en in het kraakbeen van hun oren. Die pigmentvorming kan ook elders optreden, onzichtbaar in kraakbeenweefsels, maar ook in de huid, bijvoorbeeld op de neus of de handen. De verkleuringen zijn grijs, zwart of blauwachtig. Vanwege de okerkleur onder de microscoop, wordt de pigmentafzetting ook wel ochronose genoemd.

Tussen hun dertigste en veertigste levensjaar krijgen patiënten echter te maken met ernstiger ziekteverschijnselen. Zij ontwikkelen ernstige artritis, die soms doet denken aan reuma omdat de ziekte acuut kan opvlammen. Vaak beginnen de klachten in de rug of in de gewrichten van knie en heup. Naast pijn hebben patiënten een ernstige beperking in de beweeglijkheid van gewrichten. Ook groeien gewrichten vaak aan elkaar vast, met name in de wervelkolom. Hoewel sommige gewrichten door kunstexemplaren vervangen kunnen worden, kunnen de symptomen er uiteindelijk toe leiden dat patiënten rolstoelafhankelijk of zelfs bedlegerig worden. Dit gebeurt meestal pas rond het zestigste levensjaar. De gewrichtsproblemen zijn erger bij mannen dan bij vrouwen.
Als alkaptonuriepatiënten ouder worden kunnen ze hartziekten en nierstenen krijgen. Over het algemeen lijkt de levensverwachting van alkaptonuriepatiënten niet verlaagd.