Acute behandeling
Als een kind met propionacidurie ernstig ontregeld is, is een acute behandeling in op de intensive care afdeling vaak noodzakelijk. Om de hoge lactaat- en ammoniakspiegels in het bloed te laten dalen, krijgt het dan vaak een infuus met  glucose, zout en elektrolyten  en een behandeling met carbamylglutamaat .Dit medicijn is geregistreerd voor de behandeling van andere stofwisselingsziekten.  (ureumcyclusdefecten) en helpt het ammoniakgehalte in het bloed te verlagen.   Als alternatief hiervoor of in combinatie hiermee wordt ook natriumbenzoaat gebruikt. Vaak zitten er zoveel schadelijke stoffen in het bloed dat het nodig is om door een dialysebehandeling de afvalstoffen snel uit het lichaam van de patiënt te verwijderen. Dit wordt alleen in een academisch centrum, onder begeleiding van een metabool specialist gedaan.   Omdat het belangrijk is om er snel bij te zijn, moeten de patiëntjes voor zo’n eerste opvang (acute behandeling) terecht kunnen in het dichtstbijzijnde academische ziekenhuis. De eerste stap in de behandeling is de eiwit inname te staken en per infuus voldoende energie ( kcal) toe te dienen. Hiermee kan zo nodig al voor de IC begonnen worden.  De verdere behandeling en controle gebeurt in een academisch ziekenhuis.

Eiwitbeperkt dieet
Ongeacht welke vorm van propionacidurie de patiënt heeft, is het belangrijk dat het zo weinig mogelijk binnenkrijgt van de aminozuren valine en isoleucine, die door propionacidurie-patiënten wordt omgezet in schadelijke stoffen. Om dat te bereiken worden patiëntjes behandeld met een eiwitbeperkt dieet. Dat houdt in dat zij heel veel normale voedingsmiddelen waar eiwit in zit, niet mogen eten. Het gaat dan bijvoorbeeld om vlees, melkproducten of brood. Voor veel van die producten zijn wel eiwit-arme alternatieven te koop, maar het volhouden van het dieet kan soms een heel gepuzzel zijn. Want tegelijkertijd moeten de kinderen ook voldoende energie binnenkrijgen om te kunnen groeien.
Omdat de kinderen wel eiwitten nodig hebben voor een goede groei, krijgen zij wanneer nodig  andere aminozuren apart toegediend in een aminozuurpreparaat. Meestal is dit een poeder dat zij bij de maaltijd moeten innemen.
De precieze instelling van het dieet, met eventueel aanvullend  het aminozuurpreparaat, is per patiënt verschillend en verandert ook vaak met de leeftijd van de patiënt. Het gaat erom een balans te vinden tussen de het beperken van de schadelijke effecten van eiwitten en het zorgen dat de patiënt voldoende voedingsstoffen krijgt om optimaal te groeien.
In tijden van ziekte, zoals infecties of koorts, verandert de stofwisseling. Daarom krijgen kinderen met een organoacidurie vaak uit voorzorg een aangepast dieet (met nog minder eiwit) als zij ziek zijn (noodplan).

Sondevoeding
Het is een kenmerk van de ziekte propionacidurie dat kinderen vaak slecht eten. Ze hebben weinig trek en moeten veel spugen. Daarnaast kan ook het dieet de oorzaak zijn van verminderde eetlust. Daardoor kan eten soms een strijd worden voor kinderen. Als zij met normaal eten onvoldoende voedingsstoffen binnenkrijgen, kunnen de ouders overwegen om (gedeeltelijk) op sondevoeding over te gaan. Dit kan de druk van het 'moeten eten' wegnemen en de conditie van de kinderen beter op peil houden.

Verloop
Het verloop van de ziekte is niet bij alle patiënten hetzelfde. Een deel van de patiëntjes overlijdt op jonge leeftijd aan de gevolgen van de ontregelingen. Als de patiënt echter goed reageert op de behandeling en de eerste, meest kritische tijd doorkomt, lijkt de toekomstverwachting redelijk gunstig. De ontwikkeling van het kind is in hoge mate afhankelijk van eventuele beschadigingen die het heeft opgelopen door ontregelingen. Een kwart van alle PA patiënten heeft een normale verstandelijke ontwikkeling. (Haijes, Molema et al. 2019)