Bij jonge patiënten is er veel overeenkomst tussen GSD-1 en GSD-3. Zo is er door de vergrote lever algauw een vermoeden dat het om één van deze twee glycogeenstapelingsziekten gaat. Met bloedonderzoek kan er onderscheid worden gemaakt tussen GSD-1 en GSD-3. De patiënt krijgt dan suikers toegediend, waarna het bloed op een aantal stoffen wordt onderzocht.

Om de diagnose te bevestigen, kan in het laboratorium getest worden of het debranching enzym activiteit vertoont in huidcellen of witte bloedcellen. Met DNA-onderzoek wordt de diagnose definitief gesteld.

Tegenwoordig wordt heel vaak de voorkeur gegeven aan het direct verrichten van DNA-onderzoek.