Er is nog geen effectieve behandeling gevonden die het ziekteverloop beïnvloedt. De behandeling is er op gericht de symptomen zo veel mogelijk te bestrijden en om de patiënt zo comfortabel  mogelijk te laten zijn. 

Met behulp van fysiotherapie kan geprobeerd worden de spieren zo soepel mogelijk te houden en zo lang mogelijk te bewegen. 

Ergotherapie kan vaak adviezen geven hoe iemand met beperkingen nog zo comfortabel mogelijk verzorgd kan worden. 

Met behulp van medicijnen wordt geprobeerd zo veel mogelijk epilepsie aanvallen te onderdrukken. Epilepsie aanvallen bij het syndroom van Alpers zijn vaak moeilijk te behandelen. Als het vermoeden van het syndroom van Alpers bestaat, mag geen valproine zuur (tegen epilepsie) gegeven worden, omdat dit medicijn bij Alpers een leverziekte kan uitlokken.

In het geval er twijfel bestaat aan de diagnose syndroom van Alpers en men overweegt om valproine zuur voor de epilepsie te geven kan er een zogenaamde sneltest worden gedaan om te onderzoeken of men wel of niet de specifieke POLG mutatie heeft die ziekmakend is in combinatie met valproine zuur. Deze test kan op (EDTA-) bloed in het DNA diagnostisch laboratorium in Maastricht worden uitgevoerd.
Ook kunnen medicijnen gebruikt worden om hinderlijk verhoogde spierspanning te verminderen. Infecties kunnen behandeld worden met antibiotica. Soms kan continue behandelen met een lage dosis antibiotica helpen om de kans op nieuwe infecties zo klein mogelijk te maken. 

Bewegingsstoornissen kunnen behandeld worden met benzodiazepines of dopamine preparaten.