Er zijn twee vormen van het syndroom van Alpers, die verschillen in het moment waarop de ziekte zich openbaart. Een vroege en een late onset.

Vroege onset
Meestal verloopt de geboorte normaal, maar in het eerste levensjaar gaat de baby achterlopen in ontwikkeling, is slap, geeft regelmatig over en krijgt epileptische aanvallen. Daarna gaat de lever steeds slechter functioneren. Hierdoor vallen allerlei leverfuncties uit. De lever heeft allerlei belangrijke functies in het ontgiften van het bloed, de aanmaak van allerlei stoffen en speelt een belangrijke rol in de stofwisseling. Problemen met de lever kunnen zich onder andere uiten in geel zien, jeuk of problemen met de bloedstolling. Kinderen overlijden meestal binnen een aantal maanden tot een jaar na het ontdekken van de ziekte .

Late onset
De late vorm komt minder vaak voor dan de vroege vorm. Maar is bijzonder ingrijpend omdat een kind of jong volwassene tot het begin van de ziekteverschijnselen ogenschijnlijk gezond en wel is. De ziekte kan zich openbaren tot ongeveer het 25ste levensjaar. Tot die tijd is meestal alles normaal met een normale intelligentie, zicht en gehoor. Een van de eerste symptomen zijn epilepsieaanvallen, die abrupt beginnen. (soms na een klein ongelukje of een val) Veel voorkomend zijn zogenaamde myoclonieën, kortdurende schokjes in een arm, been, nek of in de romp. Deze kunnen zowel epileptisch als niet-epileptisch zijn.

Het maakt weinig uit voor de behandeling of de aanvallen epileptisch of niet-epileptisch zijn. Beide aandoeningen zijn moeilijk behandelbaar. Vaak komen ook langdurige epilepsie-aanvallen voor, die ook wel status epilepticus worden genoemd, meestal is de ziekte dan al in een eindstadium. Al vrij snel na het ontstaan van de epilepsie valt het op dat geen nieuwe vaardigheden meer geleerd kunnen worden.  Patiënten kunnen minder goed onthouden, minder goed praten en vaak niet meer goed op de woorden komen. Ze worden als het ware dement.

Ook ontstaan er problemen met bewegen. Sommige patiënten kunnen niet meer goed bewegen, omdat zij onvoldoende spierkracht hebben. Bij anderen worden die spieren juist heel stijf (spastisch) waardoor het bewegen moeilijker gaat. Ook stijfheid (rigiditeit) komt voor. Veelal zijn er ook problemen met het bewaren van het evenwicht.

Op een gegeven moment lukt het lopen niet meer en in een latere fase is ook zitten te moeilijk. Patiënten worden dan bedlegerig. Bij het syndroom van Alpers gaan ook de zenuwen die de informatie van het oog verwerken, verloren. Hierdoor wordt het zicht steeds slechter en worden ze uiteindelijk blind. Meestal treden problemen met het zicht later in het ziektebeloop op.

Een enkele maal kunnen ook problemen met het hart voorkomen. Vaak heeft het hart onvoldoende energie om al het bloed rond te pompen, dit wordt hartfalen genoemd. Hartfalen kan zich uiten in vermoeidheid en kortademigheid bij inspanning en later ook in rust, in het vasthouden van vocht en soms in hartritmeproblemen.
Onverklaarbare koorts komt ook voor.

Het syndroom van Alpers is een ernstige ziekte met een sombere prognose. Vaak komen in snel tempo er nieuwe symptomen bij. Omdat de ziekte niet te behandelen is, zullen patiënten met het syndroom van Alpers komen te overlijden aan hun ziekte.

Het beloop kan heel snel zijn of sluipend met steeds meer motorische klachten, epilepsie, zwakte en cognitieve achteruitgang. Sommige patiënten krijgen een soort beroerte (stroke-like episodes).