De symptomen van GSD-9 zijn nagenoeg hetzelfde als die van GSD-6. Verreweg de meeste patiënten hebben een defect in het enzym fosforylase-b-kinase. Zij komen vaak tussen hun eerste en vijfde levensjaar bij een kinderarts terecht met een uitgesproken dikke buik. Dat komt doordat hun lever door de stapeling van glycogeen sterk vergroot is. Ook hebben ze vaak een groeiachterstand en soms een lichte achterstand in hun motorische ontwikkeling. De patiënten gaan vaak later zitten, staan en lopen dan normale kinderen. Soms komen ouders bij de huisarts met deze klachten, maar soms ook zijn de verschijnselen zo mild dat ze pas worden ontdekt tijdens een routineonderzoek op het consultatiebureau.

Bij navraag vertonen deze jonge zuigelingen en kinderen vaak typische klachten die passen bij een vastenintolerantie. Ze hebben een laag bloedsuikergehalte en/of een verhoogde ketonenconcentratie als ze langere tijd niets eten. In het bloed worden afwijkende leverwaarden (de transaminasen ALAT en ASAT) en een verhoogd vetgehalte (voornamelijk cholesterol en triglyceriden) gevonden.

De leveromvang neemt geleidelijk af als het kind ouder wordt en de vergroting verdwijnt meestal rondom de puberteit. Bij suboptimale behandeling groeien veel patiënten merkwaardigerwijs toch langer door tot na de puberteit om zo toch een normale volwassen lengte te bereiken.