De ziekte van Krabbe is niet te genezen. Tot voor kort bestond de behandeling er alleen uit dat het leven van de patiënt zo draaglijk mogelijk werd gemaakt.
Zo kunnen met sommige geneesmiddelen de uitingen van de ziekte worden behandeld, zoals anti-epileptische en antibiotische middelen. Soms is het ook nodig om pijnstillers te geven. Pijn kan optreden door de spasticiteit, maar eventueel ook door de aantasting van de zenuwen. Observatie moet uitmaken of de patiënt pijnstillers nodig heeft. Fysiotherapie is vooral van belang om de spasticiteit te behandelen. Soms krijgt de patiënt ook medicijnen tegen spasticiteit, maar die hebben de ongewenste bijwerking dat hierdoor de slikspieren kunnen verslappen.
Een veel verdergaande behandeling is hematopoietische stamceltransplantatie (HSCT), waarbij de patiënt donorstamcellen krijgt die uitgroeien tot bloedcellen, waarin het enzym galactocerebrosidase normaal aanwezig is. Deze therapie wordt bij meerdere leukodystrofieën overwogen en ook bij de ziekte van Krabbe. De therapie is echter meestal niet verantwoord bij kinderen met de klassieke - infantiele - vorm van de ziekte van Krabbe, omdat het ziektebeeld bij hen te vroeg begint en te snel verloopt. Bij de juveniele vorm van de ziekte zijn gunstige resultaten gemeld bij patiënten die in een vroeg stadium zijn behandeld. Het is echter een risicovolle ingreep en de resultaten op langere termijn zijn nog onbekend.