Alfa-mannosidose wordt veroorzaakt door een gebrek aan het enzym alfa-mannosidase, dat verantwoordelijk is voor de afbraak en het hergebruik van korte suiker- en eiwitketens in de lichaamscellen. Van deze korte ketens (oligosacchariden) zijn meestal grote hoeveelheden in de urine van de patiënt te vinden. Bij het vermoeden dat een patiënt alfa-mannosidose heeft, wordt de urine dus eerst getest. De definitieve bevestiging van de diagnose wordt gemaakt door de enzymactiviteit te meten in het bloed of een stukje huid van de patiënt.

Het is mogelijk om Prenataal onderzoek te laten verrichten wanneer er eerder een kind met alfa-mannosidose in de familie geboren is. Dit is echter geen routineonderzoek, vanwege de zeldzaamheid van de ziekte.