Voor Zellweger-spectrum-aandoeningen/Peroxisomale Biogenesedefecten is geen genezing mogelijk. De behandeling is voor zover mogelijk gericht op verlichting van klachten en het voorkomen van klachten.

Sommige patiënten met ZSD hebben teveel fytaanzuur in hun bloed. Fytaanzuur zit o.a. in vlees van herkauwers, melk, boter, kaas, vis, groene groenten. Zij kunnen dan een fytaanzuurbeperkt dieet volgen. Dat wordt per patient, in overleg met een diëtist, bekeken. Er moet dan wel goed worden opgelet of ze voldoende calorieën binnenkrijgen en blijven groeien. Soms kan het nodig zijn om een gastrostomie aan te leggen. Dat is een voedingssonde in de maag om voeding te kunnen geven.

Vanaf 2014 wordt er onderzoek gedaan naar het effect van cholzuur op het ziekteproces bij ZSD. Tot nu toe is aangetoond dat de concentratie galzuren in organen en bloed lager werd dankzij cholzuur. Maar het is nog niet bekend of cholzuur ook het ziekteproces remt. En patiënten met leverstoornissen kregen juist meer leverschade door cholzuur. Zij mogen dit middel dus niet krijgen. In 2016 moest dit onderzoek gestaakt worden, vanwege een dispuut met de houder van het patent op de studiemedicatie. In dit recente artikel staat hoe dat allemaal is gegaan. Inmiddels wordt het onderzoek voortgezet.