Bij MPS 3 is de verstandelijke ontwikkeling van de patiënt het meest aangedaan. De meeste patiënten ontwikkelen zich in hun eerste levensjaren normaal, maar kunnen iets vaker dan normaal lies- of navelbreuken hebben. De diagnose wordt vaak gesteld als het kind tussen de twee en zes jaar oud is. Een signaal is dat het kind verstandelijk achterraakt in de ontwikkeling. Ook komen hyperactiviteit en agressief gedrag vaak voor, evenals KNO-infecties (verkoudheden, oorontstekingen).
Naarmate de ziekte vordert, gaan patiënten verstandelijk alleen nog maar achteruit. Ze verliezen vaardigheden zoals spreken, zindelijkheid en zelfstandig eten. Ook worden ze steeds onrustiger. Patiënten kunnen vaak moeilijk stilzitten en hebben soms periodes waarin ze nauwelijks slapen. Ze verliezen steeds meer het contact met hun omgeving en vertonen vaak moeilijk en agressief gedrag, soms met veel schreeuwen.

In een nog verder gevorderd stadium begrijpen ze bijna niets meer en verliezen ze ook allerlei lichamelijke vaardigheden. Ze kunnen steeds minder goed lopen, waardoor ze uiteindelijk in een rolstoel belanden.

De lichamelijke kenmerken bij MPS 3 zijn veel minder prominent dan bij andere vormen van MPS. Kinderen vertonen soms overmatige haargroei en kunnen enigszins grove gelaatstrekken hebben, maar dit is niet bij alle patiënten het geval. Soms hebben ze last van lichte stijfheid in de gewrichten en bij sommige patiënten ontstaat in de tienerjaren pijn in een of beide heupen. De oorzaak van deze pijn is een afwijkende heupkop. In de kinderjaren kan de lever iets vergroot zijn. Bij de ernstigere vormen van het syndroom komt gehoorverlies veel voor.

Zoals gezegd zijn de symptomen niet kenmerkend voor een bepaald type van MPS 3. Toch kunnen er wel grote verschillen zijn, ook tussen patiënten van hetzelfde type. Er zijn patiënten met een veel milder beloop van de ziekte. Het is echter niet goed mogelijk om bij de diagnose te voorspellen in welke categorie een patiënt zal vallen. Van een aantal DNA-foutjes die MPS 3A veroorzaken is bekend dat ze geassocieerd zijn met een ernstiger of milder beloop.

Een levensverwachting voor patiënten met MPS 3 is moeilijk te geven, omdat het verloop van patiënt tot patiënt sterk kan verschillen. Sommigen sterven al voor hun tiende of twintigste levensjaar, maar er zijn ook patiënten bekend die veel ouder worden.