De meeste patiënten krijgen hun eerste ziekteverschijnselen als ze tussen de 3 en 11 maanden oud zijn. Maar het is ook mogelijk dat ze al in de eerste dagen van hun leven ziek worden. Daarom wordt HMG-CoA-lyasedeficiëntie sinds 2007 opgespoord met de hielprik. Als de baby dan HMG-CoA-lyasedeficiëntie blijkt te hebben, wordt meteen met de behandeling gestart. Daarmee kan worden voorkomen dat de onderstaande klachten optreden.

Vaak zijn de eerste symptomen braken en slecht eten. De kinderen zijn dan suf en slap, zien bleek en zijn uitgedroogd. De symptomen kunnen snel verergeren tot een coma. Zulke aanvallen ontstaan doorgaans doordat het kind langere tijd niet of te weinig heeft gegeten. Het kind heeft dan te weinig suiker en te veel van bepaalde zuren in het bloed. Die verzuring van het bloed komt doordat afvalstoffen niet goed kunnen worden afgevoerd. In het verleden liep deze eerste aanval bij sommige kinderen fataal af. Anderen herstelden na de juiste maatregelen in het ziekenhuis.
Ouders die weten dat hun kindje HMG-CoA-lyasedeficiëntie heeft, kunnen de aanvallen voorkómen door hun kind regelmatig te voeden. Maar als een kind ziek is door koorts of een infectie waardoor het minder eet, kan zo'n aanval of crisis toch nog optreden. De crises kunnen hersenschade veroorzaken, waardoor patiënten een achterstand in hun verstandelijke ontwikkeling kunnen hebben.
Patiënten die met een behandeling de lage bloedsuikers en verzuring van het bloed kunnen voorkómen, ontwikkelen zich over het algemeen normaal.