Patiënten hebben vlak na de geboorte een dikke buik door een sterk vergrote lever. Bij het ouder worden krijgen onbehandelde patiënten een karakteristieke lichaamsbouw: het kind heeft een bol, bleek gezicht, vetzucht op de romp en onderontwikkelde spieren. Hierdoor lijken de armen en benen opvallend dun in vergelijking met de dikke buik en het ronde gelaat.
Als kinderen met GSD-1b niet behandeld worden, blijven zij vaak achter in de groei. Ook zweten ze veel en hebben ze vaak blauwe plekken en/of neusbloedingen, omdat de stolling van het bloed iets trager is dan normaal. Een aantal kinderen heeft last van diarree, omdat de opname van glucose verstoord kan zijn. De nieren van deze kinderen zijn in lichte mate vergroot, doordat ook daarin glycogeenstapeling plaatsvindt.
De patiënten krijgen zeer snel lage bloedsuikers als ze een korte tijd (een paar uur) niets gegeten hebben, bijvoorbeeld 's nachts. Ook bij een griep of verkoudheid kan het suikergehalte in het bloed snel te laag worden, omdat in die situaties de behoefte aan glucose is verhoogd. Het kind wordt dan suf, gaat staren en de huid ziet blauw. Tevens kan in dat geval een soort van 'zuurvergiftiging' ontstaan. De kinderen gaan dan sneller en dieper ademen (hyperventilatie).

De meeste patiënten hebben een verhoogde hoeveelheid urinezuur in het bloed. Dit verloopt meestal zonder symptomen. Toch kan er bij jongvolwassenen een vorm van jicht ontstaan als de verhoging van het urinezuur niet op tijd wordt behandeld. Daarnaast hebben deze kinderen vaak een verhoogd vetgehalte. Bij patiënten met GSD-1b werken de witte bloedcellen niet goed en zijn daarnaast ook laag in aantal. Daardoor zijn de patiënten met GSD-1b extra gevoelig voor bacteriële infecties. Ook kunnen ze een darmslijmvliesafwijking ontwikkelen die lijkt op de ziekte van Crohn.