Het Conradi-Hunermann syndroom is erfelijk. Meestal wordt dan gedacht aan ziekten of eigenschappen die al generaties 'in de familie' zitten, maar dat hoeft niet altijd zo te zijn. We proberen het zo duidelijk mogelijk uit te leggen.

Het menselijk lichaam bestaat uit allemaal cellen. In de kern van iedere cel zitten chromosomen. Chromosomen zijn strengen erfelijk materiaal. Ze bestaan uit een stof die we DNA noemen. In dit DNA zit een soort 'code' waarin al onze erfelijke eigenschappen zijn vastgelegd. Het DNA is er in tweevoud: de ene helft van het DNA komt van de vader en de andere helft van de moeder.

Normaal gesproken zijn er per cel 22 gelijke chromosoomparen (autosomen). Het 23e paar is geslachtsbepalend en dus verschillend bij mannen en vrouwen: een vrouw heeft twee X-chromosomen en een man heeft een X- en een Y-chromosoom. Een man erft het Y-chromosoom altijd van zijn vader en het X-chromosoom van zijn moeder. Een vrouw krijgt van haar vader én van haar moeder een X-chromosoom.
Op de chromosomen zitten de genen. Een gen is een stukje DNA. Elk gen beschrijft de code van één erfelijke eigenschap. Bijvoorbeeld hoe je eruitziet en hoe je lichaam werkt. Van elk gen zijn er twee kopieën: één afkomstig van de moeder, één afkomstig van de vader. Als er een verandering in een gen optreedt, heet dat een mutatie.

Het Conradi-Hunermann syndroom erft X-gebonden dominant over. De ziekte wordt veroorzaakt door een afwijking in het erfelijk materiaal op het X-chromosoom. 

Een ziekte erft X-gebonden dominant over als een afwijkend in een gen op het X-chromosoom dominanter is dan de gezonde variant. Bij vrouwen met Conradi-Hunermann gebeurt dit door een proces dat X-inactivatie wordt genoemd. In de lichaamscellen komen niet alle twee de X-chromosomen tot uiting, maar of het ene of het andere X-chromosoom. Lichaamscellen maken een keuze voor het ene of het andere X-chromosoom erg vroeg tijdens de ontwikkeling als embryo. Als in een bepaald orgaan het X-chromosoom met het defecte gen vaker tot uiting komt, is dat orgaan aangedaan door de ziekte. 

Bij het Conradi-Hunermann syndroom zijn er drie mogelijke oorzaken voor zo'n afwijkend gen op het X-chromosoom. Soms heeft de moeder de ziekte ook, maar slechts in een milde vorm. Bijvoorbeeld doordat bij haar toevallig het goede X-chromosoom actief is in vrijwel al haar cellen. 
De afwijking in het gen kan ook spontaan ontstaan in de geslachtscellen van één van beide ouders. In dat geval is die ouder niet ziek, maar kan de ziekte wel zijn/haar kinderen doorgeven.
Het is ook mogelijk dat de afwijking spontaan ontstaat bij het kind zelf. In dat geval is er geen kans dat broertjes of zusjes de ziekte ook krijgen. De kans is het grootst dat de afwijking spontaan is ontstaan bij de patiënt.  Het komt minder vaak voor dat het afwijkende gen is doorgegeven door een ouder.

Het Conradi-Hunermann syndroom komt vrijwel niet voor bij jongens, omdat die slechts één X-chromosoom hebben. Waarschijnlijk zijn jongetjes met een afwijkend X-chromosoom niet levensvatbaar. Als een jongen Conradi-Hunermann heeft, is het ernstig verstandelijk gehandicapt en zijn de botafwijkingen ook erg uitgesproken.