2-Methylbutyryl-CoA-dehydrogenasedeficiëntie is niet te genezen. Over een eventuele behandeling is weinig bekend. Er zijn aanwijzingen dat behandeling met carnitine de hoeveelheid C5-acylcarnitine in het bloed kan verlagen. Ook een eiwitbeperking en het vermijden van vasten wordt aanbevolen. In geval van koortsende ziekte kan een noodprotocol worden gevolgd.