Veel mensen met 2-methylbutyryl-CoA-dehydrogenasedeficiëntie hebben geen klachten. Sommige patiënten krijgen wel klachten, vaak op jonge leeftijd, zoals apneu, spieratrofie, hypotonie, letargie, epileptische aanvallen en een vertraagde motorische ontwikkeling. Ook kunnen hypothermie en hypoglykemie optreden. In Japan komt ook hypertensie voor bij patienten met deze ziekte.