De ziekte van Hartnup is, net als alle stofwisselingsziekten, niet te genezen. Wel is het mogelijk om met behandeling de symptomen zoveel mogelijk te voorkomen of te verlichten. Patiënten hebben baat bij een eiwitrijke voeding en toediening van tryptofaan en vitamine B3. Doordat de huid van deze patiënten erg gevoelig is voor zonlicht, is het gebruik van sunblock voor blootgestelde lichaamsdelen verstandig.