Het typische verloop van GM1-gangliosidose is een ziekte die zich in de eerste levensmaanden openbaart en snel voortschrijdt. Er blijkt echter veel variatie mogelijk in de aanvangsleeftijd en het verloop. Daarom wordt de ziekte meestal onderverdeeld in drie typen. Type 1 is de infantiele vorm en komt het meest voor. Patiënten die op jeugdige leeftijd verschijnselen krijgen, hebben type 2 en patiënten met een laat-optredende of chronische vorm van de ziekte hebben type 3. Over het algemeen zegt de leeftijd waarop de ziekte begint iets over het te verwachten verloop van de ziekte.

Infantiele GM1-gangliosidose (type 1)
De meeste patiëntjes worden normaal geboren. Na drie tot zes maanden wordt duidelijk dat hun hersenen ernstig beschadigd zijn. Daarna gaan hun functies snel achteruit.
De patiënten reageren soms erg heftig op onverwachte geluiden en hebben hyperactieve reflexen. In het begin van hun ziekte hebben de kinderen vaak erg slappe spieren. Later worden ze eerder gespannen en spastisch, vaak met frequente (epileptische) aanvallen.
De kinderen hebben vaak oogafwijkingen (de zgn. ‘kersrode vlek’ van het netvlies en troebel hoornvlies) en vrijwel altijd een vergrote lever en milt, waardoor ze een bolle buik kunnen hebben.

In sommige gevallen hebben de kinderen al bij hun geboorte lichamelijke of neurologische afwijkingen. Zij eten vaak slecht en komen te weinig aan in de eerste weken. Soms hebben ze vochtophopingen in hun buik of ledematen. De meeste patiënten overlijden binnen enkele jaren na het begin van hun ziekte.

Laat-infantiele of juveniele GM1-gangliosidose (type 2)
Deze variant van GM1-gangliosidose begint meestal rond het eerste of tweede levensjaar na een normale ontwikkeling. De eerste symptomen zijn vaak problemen met lopen en eten. Daarna gaan de patiënten lichamelijk en geestelijk steeds verder achteruit. Ze hebben meestal geen botafwijkingen of vergrote organen.
Deze variant is zeldzamer dan type 1. De kinderen worden meestal niet oud, maar daarin zijn grote verschillen gevonden.

Adulte of chronische GM1-gangliosidose (type 3)
De volwassen variant van GM1-gangliosidose is erg zeldzaam en komt voornamelijk voor in Japan. Deze patiënten ontwikkelen zich in eerste instantie normaal. Het begin van de ziekte kan al vroeg in de jeugd zijn, maar ook op tienerleeftijd. Een belangrijk kenmerk is dat de patiënten geleidelijk steeds meer bewegingsstoornissen krijgen. Het begint met loopmoeilijkheden en spraakstoornissen, maar geleidelijk krijgen ze een steeds verkrampter postuur. Hun verstandelijke vermogens gaan niet noemenswaardig achteruit.
De levensverwachting van deze patiënten loopt sterk uiteen. Sommigen overlijden kort na hun twintigste levensjaar, anderen worden minstens veertig.