De twee meest kenmerkende symptomen van G6PD zijn neonatale geelzucht en acute crisis met bloedarmoede.
De geelzucht treedt meestal op binnen één tot vier dagen na de geboorte. Het kan zeer ernstig zijn, maar is meestal goed te behandelen. Toch komt geelzucht ook vaker voor bij gezonde pasgeboren, vanwege een versnelde afbraak van foetaal hemoglobine. Dus is dit minder specifiek voor pasgeboren met G6PD deficiëntie.
De acute hemolytische crises treden vrijwel nooit spontaan op, maar worden getriggerd door bepaalde stoffen. Daardoor zijn bepaalde medicijnen en soms tuinbonen gevaarlijk voor G6PD patiënten. Ook infecties kunnen een crisis veroorzaken. De ernst van de crises varieert per patiënt en is vaak ook afhankelijk van factoren als de leeftijd en algehele gezondheid van de patiënt. Ze kunnen zeer ernstig zijn, maar ook zo mild en kortdurend dat de patiënt er nauwelijks iets van merkt.
Omdat de crisis vrijwel altijd een trigger nodig heeft, zijn er ook 'patiënten' die volledig zonder symptomen leven.
Een klein aantal patiënten heeft last van chronische bloedarmoede.