GSD-2 heeft verschillende verschijningsvormen. De ernstigste vorm is de infantiele variant, waarbij de verschijnselen van de ziekte vrijwel meteen na de geboorte  te zien zijn. Aan het andere eind van het klinische spectrum is er een adulte (volwassen) variant waarbij de verschijnselen mild zijn en pas na het twintigste levenjaar optreden. Daartussen in zit een variant die wordt aangeduid als laat-infantiele, juveniele of spiervariant van GSD-2. De varianten worden hieronder afzonderlijk besproken.

Infantiele GSD-2
De infantiele variant van GSD-2 is de klassieke vorm, die beschreven is door de Nederlandse arts Pompe. Kinderen met deze vorm van de ziekte vertonen de eerste verschijnselen van de ziekte in de eerste maanden na hun geboorte. Vaak worden ze als zuigeling snel moe tijdens het drinken en hebben ze een oppervlakkige ademhaling. Ook zijn de kinderen vaak heel slap. Ze hebben een slechte motoriek en hun spierkracht is verminderd. Dit wordt ook wel de 'floppy baby' verschijning genoemd. Vaak hebben de kinderen ook een opvallend grote tong, wat moeilijkheden met slikken en zuigen kan geven. Een belangrijke aanwijzing voor artsen is dat de kinderen een sterk vergroot hart hebben.
De spierzwakte en de vergroting van het hart is progressief, d.w.z. dat het hart steeds groter wordt en de spieren steeds slapper. De verstandelijke ontwikkeling is over het algemeen normaal, maar de ziekte is dusdanig ernstig en progressief dat de kinderen zonder behandeling vaak voor hun eerste levensjaar komen te overlijden, meestal door hartfalen.

Er is nog een tweede vorm van GSD-2 waarbij de verschijnselen al op jonge leeftijd naar voren komen. Bij deze kinderen zijn er vooral symptomen in de spieren. Zij hebben geen vergroot hart en ook meestal geen vergrote lever. Een abnormaal grote tong kan wel voorkomen. Kinderen met deze vorm van de ziekte van Pompe overlijden zonder behandeling soms ook voor hun eerste levensjaar, maar er zijn ook verschillende kinderen die ouder dan twee jaar worden.
Deze vorm is zeldzamer dan de klassieke ziekte van Pompe, maar het is mogelijk dat de diagnose vaker werd gemist, of dat kinderen een verkeerde diagnose kregen.

Juveniele GSD-2
Er is overlap tussen de spiervariant van infantiele GSD-2 en juveniele GSD-2 en artsen hanteren soms andere normen. Sommigen kijken alleen naar de leeftijd waarop de eerste symptomen van de ziekte duidelijk worden (6 tot 12 maanden na de geboorte), terwijl andere alle patiënten met enkel spierproblemen ook tot deze groep rekenen. De indeling is dus enigszins willekeurig en er zijn tussen patiënten met deze variant van GSD-2 grote verschillen in de leeftijd waarop de symptomen beginnen, welke organen aangedaan zijn en hoe snel de ziekte zich ontwikkelt. Over het algemeen geldt dat als de ziekte later begint, het hart meestal niet is aangedaan en de ziekte langzamer voortschrijdt.
Het belangrijkste symptoom is dat de spieren steeds slapper en zwakker worden. Dat geldt ook voor de ademhalingsspieren. Daarbij kan een vergroting van het hart, de lever en de tong optreden, maar dat hoeft niet.
Doordat de ademhalingsspieren door de ziekte zijn aangedaan, overlijden patiënten zonder behandeling vaak voor hun twintigste levensjaar aan het falen van de ademhaling.

Adulte GSD-2
De variant van GSD-2 die pas op latere leeftijd optreedt, is de adulte variant. De ziekte wordt gekenmerkt door een langzaam voortschrijdende spierzwakte, maar de symptomen kunnen ook vooral in de ademhalingsspieren tot uiting komen. Vaak krijgen patiënten pas last van de ziekte na hun twintigste levensjaar (sommigen zelfs pas na hun zestigste).
Omdat de symptomen niet heel duidelijk zijn en veel overlap vertonen met andere (spier)ziekten, wordt lang niet altijd de juiste diagnose gesteld.