Acute behandeling
Als een kind met methylmalonacidurie ernstig ontregeld is, is een acute behandeling in op de intensive care afdeling van het ziekenhuis vaak noodzakelijk. Soms is ook het ammoniak-gehalte in het bloed ernstig verhoogd. Om die hoge ammoniakspiegels in het bloed te laten dalen, is dan een behandeling met cargluminezuur (carbamylglutamaat) nodig. Dit medicijn is geregistreerd voor de behandeling van andere stofwisselingsziekten.  (ureumcyclusdefecten) Soms zitten er zoveel schadelijke stoffen in het bloed dat het nodig is om door een dialysebehandeling deze stoffen snel uit het lichaam van de patiënt te verwijderen. Dit wordt alleen in een academisch centrum, onder begeleiding van een metabool specialist gedaan. 
Als duidelijk is dat een patiënt MMA heeft wordt er ook extra vitamine B12 toegediend. Dat wordt zo nodig direct in de spieren geïnjecteerd.
Omdat het belangrijk is om er snel bij te zijn als een patiënt ontregeld is, moeten de patiëntjes in acute gevallen snel terecht kunnen in het dichtstbijzijnde ziekenhuis. De eerste opvang, waarbij de eiwit inname wordt gestaakt en adequate calorieën worden toegediend (meestal per infuus), kan in een dichtbij gelegen ziekenhuis plaatsvinden. De verdere behandeling en controle gebeurt in een academisch ziekenhuis.

Eiwitbeperkt dieet
Ongeacht welke vorm van MMA de patiënt heeft, is het belangrijk dat het zo weinig mogelijk binnenkrijgt van de aminozuren valine en isoleucine, die door methylmalonaciduriepatiënten wordt omgezet in schadelijke stoffen. Om dat te bereiken worden patiëntjes behandeld met een eiwitbeperkt dieet. Dat houdt in dat zij heel veel normale voedingsmiddelen waar eiwit in zit, niet mogen eten. Het gaat dan bijvoorbeeld om vlees, melkproducten of brood. Voor veel van die producten zijn wel eiwitarme alternatieven te koop, maar het volhouden van het dieet kan soms een heel gepuzzel zijn. Want tegelijkertijd moeten de kinderen ook voldoende energie binnenkrijgen om te kunnen groeien.
Omdat de kinderen wel eiwitten nodig hebben voor een goede groei, krijgen zij wanneer nodig de andere aminozuren apart toegediend in een aminozuurpreparaat. Meestal is dit een poeder dat zij bij de maaltijd moeten innemen.
De precieze instelling van het dieet met eventueel aanvullend het aminozuurpreparaat is per patiënt verschillend en verandert ook vaak met de leeftijd van de patiënt. Het gaat erom een balans te vinden tussen de het beperken van de schadelijke effecten van eiwitten en het zorgen dat de patiënt voldoende voedingsstoffen krijgt om optimaal te groeien.
In tijden van ziekte, zoals infecties of koorts, verandert de stofwisseling. Daarom krijgen kinderen met een organoacidurie vaak uit voorzorg een aangepast dieet (met nog minder eiwit) als zij ziek zijn.

Sondevoeding
Het is onderdeel van het ziektebeeld bij MMA dat kinderen vaak slecht eten. Ze hebben weinig trek en moeten veel spugen. Daarnaast kan ook het dieet de oorzaak zijn van verminderde eetlust. Daardoor kan eten soms een strijd worden voor kinderen. Als zij met normaal eten onvoldoende voedingsstoffen binnenkrijgen, kunnen de ouders overwegen om (gedeeltelijk) op sondevoeding over te gaan. Dit kan de druk van het 'moeten eten' wegnemen en de conditie van de kinderen beter op peil houden.

Vitamine B12
Als de patiënt goed reageert op vitamine B12, krijgt hij hiervan een dagelijkse dosis. De eiwitbeperking in het dieet is daarnaast dan vaak niet zo groot.

Verloop
Het verloop van de ziekte is niet bij alle patiënten hetzelfde. Een deel van de patiëntjes overlijdt op jonge leeftijd aan de gevolgen van de ontregelingen. Als de patiënt echter goed reageert op de behandeling en de eerste, meest kritische tijd doorkomt, lijkt de Prognose – toekomstverwachting redelijk gunstig. De ontwikkeling van het kind is in hoge mate afhankelijk van eventuele beschadigingen die het heeft opgelopen door ontregelingen. Er zijn verschillende patiënten met een normale verstandelijke ontwikkeling.