Er zijn twee varianten van de ziekte MMA. Het verschil is of de patiënten wel of niet reageren op toediening van vitamine B12.

Methylmalonacidurie is één van de klassieke organoacidurieën. Hoewel die door verschillende enzymdefecten worden veroorzaakt, zijn de symptomen bij klassieke organoacidurieën nagenoeg hetzelfde. Wel is het zo dat er verschillende mate van ernst is waarmee de ziekten zich presenteren. Hieronder worden die vormen besproken.

Ernstige, neonatale vorm
Kinderen met een ernstige organoacidurie worden meestal zonder problemen geboren, maar komen als baby van enkele dagen oud ernstig ziek in het ziekenhuis terecht. Zij houden hun voedsel slecht binnen. Ze zijn slap en slaperig en kunnen zelfs in coma raken. Met de juiste behandeling is deze acute ontregeling vaak weer ongedaan te maken. In sommige gevallen houden patiëntjes er echter wel een beschadiging aan over. Vaak uit zich dat in een ontwikkelingsachterstand.
Als de diagnose duidelijk is, worden de patiëntjes behandeld met een eiwitbeperkt dieet en medicijnen (zie 'Behandeling'). Vaak hebben ze in de eerste twee tot drie jaar van hun leven ondanks de behandeling veel ontregelingen. Daarbij kunnen ze ernstig braken en epileptische aanvallen krijgen. De kinderen zijn slap en 'afwezig' en kunnen uiteindelijk in coma raken. Acute behandeling in het ziekenhuis is dan noodzakelijk. Na een aantal jaar stabiliseert de ziekte zich meestal enigszins. Veel patiënten hebben een natuurlijke afkeer van eiwitrijk voedsel.
Er wordt steeds meer bekend over het verloop van de ziekte op de langere termijn. Door onderzoek in Nederland , maar ook in Europa. Met name de invloed die de ziekte -ook mét behandeling- heeft op de verstandelijke ontwikkeling van het kind is sinds kort in kaart gebracht. Hoewel sommige patiëntjes jong komen te overlijden zijn er ook patiënten die ouder worden en het op hun dieet goed kunnen doen.
Ongeveer de helft van de patiëntjes met de ernstige neonatale vorm overleeft uiteindelijk de ontregelingen niet en overlijdt op jonge leeftijd. Momenteel ( sinds oktober 2019) wordt er met behulp van de hieprik na de geboorte gescreend op MMA en PA. Jammer genoeg zijn de resultaten van de screening niet altijd bekend vóór de openbaring van de ziekte.  Toch scheelt het krijgen van een snelle diagnose naar verwachting enorm, doordat snel meer bekend is over de oorzaak van de ziekte bij de zuigeling.

late onset; presentatie  meer dan 1 maand na de geboorte
Sommige patiënten raken onder normale omstandigheden niet ontregeld door het eiwit in de voeding. Zij kunnen echter wel ontregeld raken op momenten dat hun lichaam extra energie nodig heeft, zoals bij infecties of na een vaccinatie. Zo'n ontregeling kan net zo ernstig zijn als bij patiënten met de neonatale vorm. Daarom worden ook deze patiënten na de diagnose behandeld met een eiwitbeperkt dieet, om verdere ontregelingen zoveel mogelijk te voorkomen. Er zijn ook patiënten met een meer chronische organoacidurie die vaak al direct bij hun geboorte zijn ontdekt, omdat een eerder broertje of zusje dezelfde ziekte heeft of eraan overleden is. Deze patiënten worden vanaf hun geboorte al behandeld, waardoor zij veel minder ontregelingen hebben, die ook minder ernstig verlopen.

Wel of niet vitamine B12-responsief
Bij MMA maakt het verschil of de patiëntjes wel of niet goed reageren op vitamine B12. Degenen die daar goed op reageren, krijgen deze vitamine als medicijn. Over het algemeen verloopt bij hen de ziekte dan mild.
Degenen met de ongevoelige vorm krijgt de vitB12 ook , maar dan als zeer belangrijk supplement.