In de meeste gevallen is er geen  behandeling om de gevolgen van de ziekte van Sandhoff te stoppen. Behandeling is meestal gericht op het bestrijden van de symptomen van de ziekte, om patiënten zo aangenaam mogelijk te laten leven zo lang het kan.

Met miglustat (Zavesca), een stof die de aanmaak van stapelingsmateriaal remt (substraatreductietherapie), is in het verleden wel geprobeerd de ziekte te remmen, maar de resultaten zijn niet overtuigend. Als er nog vrijwel geen neurologische schade is, komen patiënten soms in aanmerking voor allogene stamceltransplantatie: gezonde bloedstamcellen van een donor worden aan de patient gegeven. Deze gezonde cellen kunnen deels in de hersenen doordringen en daar ook enzym afgeven. De ervaring met deze behandeling is nog beperkt.

Mogelijke andere behandelingsmethoden zijn verbeterde substraatreductie en gentherapie. Studies in cellen laten zien dat het enzym op zich wel in de cellen kan komen. Tot nu toe zijn de resultaten van enzymvervangingstherapie voor vormen van lysosomale stapelingsziekten waarbij de hersenen ook zijn aangedaan, niet succesvol gebleken. Het lijkt niet waarschijnlijk dat deze therapievorm een oplossing gaat brengen. Een andere ontwikkeling is die van substraatreductie: door gedeeltelijke remming van de aanmaak van de sfingolipiden ontstaat er minder stapeling. In diermodellen blijkt dat met middelen die die aanmaak remmen een betere overleving wordt bereikt. Voor het ontwikkelen van gentherapie zijn op dit moment diverse methodes in onderzoek, door diverse biotechnologische bedrijven. Er zijn nog geen onderzoeken met patiënten gepland.