Voor Smith-Lemli-Opitz is nog geen behandeling die de symptomen van de ziekte volledig kan tegengaan. De meeste behandelingsopties richten zich dan ook op het zo aangenaam laten leven van het kind.
Vaak wordt geprobeerd met toevoegen van cholesterolpoeder of eidooiers aan de voeding het cholesteroltekort bij SLO-patiënten tegen te gaan. Helaas levert dit weinig verbetering van het ziektebeeld op, doordat de hoge concentraties van de voorloper van cholesterol (7-dehydrocholesterol) blijven bestaan.

In de Europese NISLOS-studie zijn bij een veertigtal SLO-patiënten onlangs goede resultaten geboekt met een behandeling met simvastatine. In bloed en hersenvloeistof daalde de concentratie 7-dehydrocholesterol en steeg het cholesterol. De groei en ontwikkeling verbeterde bij twee derde van de patiënten. Het toedienen van simvastatine is in deze studie eenvoudig en veilig gebleken. Ernstig zieke patiënten lijken echter niet of nauwelijks te reageren op simvastatine. In een artikel uit 2017 worden 23 patienten beschreven die behandeld zijn met simvastatine bij wie naast de gewenste verlaging van 7DHC en 8DHC een verbeterd gedrag wordt beschreven.

Voedingsproblemen kunnen tijdelijk of langere tijd worden opgevangen door sondevoeding of voeding door een maagingang (PEG-catheter). Deze PEG-catheter kan in meerdere klinieken in Nederland worden geplaatst in overleg met de behandelend kinderarts. Wel moet worden opgepast met veel of snel voeding geven. Het transport van (sonde)voeding bij SLO-patienten is vaak vertraagd en de darmen zijn gevoelig voor (snelle) veranderingen.

Ptosis (hangende oogleden) komt bij SLO-patiënten vaak voor. Controle kan door een oogarts gebeuren, maar de operatieve correctie is heel specialistisch. Geadviseerd wordt daarom dit te laten doen in een gespecialiseerd (kinder)oogziekenhuis.