Net als alle stofwisselingsziekten is het Syndroom van Barth niet te genezen. Er is ook geen specifieke behandeling voorhanden, maar wel kunnen de symptomen zo goed mogelijk worden bestreden.
De hartafwijking kan worden behandeld met de gebruikelijke medicijnen bij hartfalen, zoals digoxine (Lanoxine), Captopril en plastabletten (zoals Lasix). Bij ritmestoornissen is de plaatsing van een pacemaker een mogelijkheid. In het buitenland is inmiddels ervaring opgedaan met harttransplantatie bij kinderen met het Syndroom van Barth. De resultaten zijn in het algemeen goed.
Infecties kunnen worden bestreden en met antibiotica worden voorkomen. Goede controle van de hartfunctie tijdens hoge of langdurige koorts is belangrijk. De jaarlijkse griepprik kan griep met complicaties voorkomen. Neupogen, een stof die de vermeerdering van neutrofiele witte bloedcellen bevordert, blijkt bij het Syndroom van Barth gunstige resultaten te hebben. L-carnitine kan een positieve invloed hebben op de spierfunctie.
Fysiotherapie is belangrijk voor de stimulering van de ontwikkeling van motorische vaardigheden en voor het op peil houden van de conditie op een veilige manier. Begeleiding door een revalidatiecentrum is belangrijk voor een zo goed mogelijk functioneren in het dagelijkse leven van de patiënten en hun naaste familie. Bij vragen over erfelijkheid zijn de klinisch genetische centra in Nederland de aangewezen adviseurs.