Typische pyridoxine-afhankelijke epileptische aanvallen
De meeste kinderen met PDE zullen de volgende klachten hebben:
-    Ritmische bewegingen in de baarmoeder. Dit zijn epileptische aanvallen.
-    Epileptische aanvallen vlak na de geboorte
-    Ontwikkelingsachterstand/beperking in de denkfunctie van de hersenen.
De epilepsie reageert niet of maar kort op medicijnen tegen epilepsie, maar reageert vrijwel direct op pyridoxine (vitamine B6). Als de pyridoxine wordt gestopt, treden er binnen 2 tot 23 dagen opnieuw epileptische aanvallen op. Soms is de baby slap. Vaak zijn baby’s onrustig en geïrriteerd vóór de epileptische aanval.
De meeste patiënten lopen een ontwikkelingsachterstand op en hebben een vertraagde spraakontwikkeling. Ook kunnen voedingsproblemen, spugen, schrikkerigheid, trillerigheid, afwijkend (hoog) huilen en sterk wisselende spierspanning voorkomen.

Atypische pyridoxine-afhankelijke epileptische aanvallen
De epileptische aanvallen kunnen ook op oudere leeftijd (2-19 maanden) voor het eerst optreden. Dat komt minder vaak voor en wordt daarom ‘atypisch’ genoemd. Bij deze variant kunnen de epileptische aanvallen eerst wel op de anti-epileptische medicijnen reageren en later niet. En de reactie op pyridoxine kan niet opvallend zijn. Bij kinderen met deze variant, die pas wat later een epileptische aanval krijgen (eerste aanval na een leeftijd van 3 maanden), lijkt de prognose beter te zijn.
Met name kinderen met de typische vorm lopen een groot risico op overlijden als ze niet worden behandeld. De prognose is redelijk tot goed (soms) als de diagnose vroeg wordt gesteld en de juiste behandeling wordt gestart. Als de diagnose laat wordt gesteld, kan zich een ernstige hersenziekte ontwikkelen met geestelijke achteruitgang. Dat komt mede door de langdurige epileptische aanvallen. Toch blijkt 75% van de kinderen in meer of mindere mate geestelijk achter te lopen en moeite te hebben met taal.