Bloedonderzoek
Om tot een diagnose te komen, zal eerst bloedonderzoek gedaan worden. Een eerste signaal van pyruvaat kinase deficiëntie in het bloed is het extreem hoge bilirubine- en het lage Hb-gehalte.

Men kan de pyruvaat kinase (PK) in het bloed meten. Wanneer dit duidelijk te laag is dan zal men op basis daarvan de diagnose kunnen stellen. Het is echter niet zo dat een normale waarde aan PK betekend dat er geen sprake is van pyruvaat kinase deficiëntie.

Genetisch onderzoek
Om zeker te zijn van de diagnose is het noodzakelijk om een genetisch onderzoek te doen. Op basis hiervan is met zekerheid een diagnose te stellen.

Er zijn ondertussen meer dan 200 verschillende mutaties gevonden. Momenteel is het nog niet duidelijk of de verschillende mutaties effect hebben op de ernst van de aandoening.