Vaak krijgt een kind met X-gebonden hypofosfatemie al voor de leeftijd van 2 jaar klachten. De botten van de benen groeien krom. Dat valt op als een kind begint te lopen. Ook blijft de lengtegroei achter. Deze vervormingen zijn tekenen dat sprake is van een botaandoening (rachitis). Als er dan verder onderzoek wordt gedaan, kan blijken dat het kraakbeen in de polsen, enkels en bij de ribben verdikt is. Kinderen kunnen klagen over bot- en gewrichtspijn. Soms groeien bepaalde botten van de schedel te snel aan elkaar vast (craniosynostose). Uitgesproken spierziekte is afwezig maar er kan wel spierzwakte optreden wat voor vermoeidheid zorgt. Er is een vertraging in het doorbreken van de tanden, gestoorde glazuurvorming en vaak treden tandabcessen op. Ook gehoorverlies en andere klachten in verband met de oren en het evenwichtsorgaan kunnen optreden.
Volwassenen kunnen last krijgen van artrose (gewrichtsslijtage). De kwaliteit van het kraakbeen in één of meer gewrichten wordt dan minder, het gewricht raakt soms ontstoken en het bot bij het gewricht verandert. Ook ontstaat er vaak enthesopathie (aanhechtingspijn). Er is dan een ontsteking in het gebied waar bindweefselbanden en pezen aan het bot zijn gehecht. Dit kan worden veroorzaakt door overmatige botgroei op de aanhechtingsplaatsen van de banden en pezen. Soms zijn de banden en pezen zelf ‘verkalkt’ door afzetting van calcium en fosfaat. Bij volwassenen gaan artrose en enthesopathie vaak gepaard met pijn, stijfheid en bewegingsbeperkingen in de rug en gewrichten.
Er zijn ook patiënten met een mildere vorm van de aandoening die weinig tot geen klachten ervaren. Soms wordt de aandoening ook pas op volwassen leeftijd ontdekt omdat er dan pas klachten ontstaan.