Met name bij de ernstige vorm van het syndroom van Hunter lijken de ziekteverschijnselen sterk op die van het syndroom van Hurler (MPS 1). Eén duidelijk verschil is dat Hunterpatiënten vaak last hebben van een bobbelige huid op hun bovenarmen of dijen.
Als door de ziekteverschijnselen het vermoeden rijst dat de patiënt MPS 2 heeft, kan dat vermoeden bevestigd worden door de urine te testen: als daarin grote hoeveelheden glycosaminoglycanen (GAG's) in zitten, is dat een bevestiging. De definitieve diagnose wordt gesteld door de enzymactiviteit van iduronaatsulfatase te meten in het bloed of een stukje huid van de patiënt.

Het syndroom van Hunter is een erfelijke aandoening. Dat betekent dat ook broertjes van de patiënt aangedaan kunnen zijn. Zij worden getest om te kijken of bij hen hetzelfde enzym ontbreekt.
Als MPS 2 in de familie zit, kan met prenataal onderzoek worden getest of een ongeboren kindje ook MPS 2 heeft. Dat kan met een vruchtwaterpunctie of een vlokkentest. Het is wel belangrijk dat ook naar het geslacht van het ongeboren kind gekeken wordt, omdat bij vrouwelijke foetussen vaak ook lage enzymniveaus gevonden worden, terwijl die vrijwel nooit de ziekte hebben.