Er zijn twee vormen van MPS 2: een ernstige en een milde variant. Binnen die twee varianten is vaak nog wel veel variatie in de ernst van de symptomen. De milde vorm van het syndroom van Hunter zit vaker 'in de familie' dan de ernstige vorm. Het komt niet voor dat er binnen één familie zowel patiënten met de milde als met de ernstige vorm zijn.

Ernstige vorm van MPS 2
De eerste symptomen openbaren zich meestal als een kind tussen de twee en vier jaar oud is. Het kind ontwikkelt in het algemeen tot die tijd geestelijk normaal. Wel kunnen typische lichamelijke MPS verschijnselen eerder optreden, zoals chronische ademhalingsproblemen, veelvuldige infecties, stijfheid en lies- of navelbreuken.
Bij deze ernstige vorm komen ook de typische uiterlijke kenmerken van MPS-ziekten voor. Kinderen krijgen grove gelaatstrekken, grote lippen en tong, dikke huid en overmatige beharing. Vaak zijn de kinderen klein, maar niet zo extreem als bij MPS 1.

Vanaf de leeftijd van vier jaar gaan de verstandelijke vermogens van de patiënt alleen nog maar achteruit. Dat heeft ook gevolgen voor het gedrag. De kinderen ontwikkelen vaak agressief gedrag met ongecontroleerde bewegingen, zijn koppig en overactief en lijken plezier te hebben in lawaai maken. Ook kan er sprake zijn van epilepsie.

Lichamelijke problemen die met het verlopen van de ziekte kunnen optreden of verergeren zijn problemen met botten en gewrichten en vergroeiingen. De kinderen hebben vaak de karakteristieke klauwhandjes. Door toenemende stijfheid en vergroeide botten kan de mobiliteit afnemen.
De patiënten hebben vaak last van toenemende gehoorproblemen. Ook hun hart en bloedvaten raken door de ziekte aangetast, net als de lever en milt.

De patiënten sterven meestal als ze tussen de tien en twintig jaar oud zijn, vaak als gevolg van een longontsteking, hartproblemen of een verstopping van de luchtwegen.

Milde vorm van MPS 2
Patiënten met de mildere vorm van MPS 2 hebben vrijwel geen verlies van intelligentie. In hun kindertijd zien ze er vaak normaal uit, maar naarmate ze ouder worden kunnen hun gelaatstrekken grover worden. Ook de lichamelijke problemen die voorkomen bij de ernstige variant treden op, maar op latere leeftijd en vaak in lichtere vorm. De patiënten hebben met name problemen aan hun gewrichten (stijfheid, beknelde zenuwen etc.). Daarnaast hebben ze vaak gehoorproblemen en kunnen ze problemen krijgen met hun hart en luchtwegen.

Patiënten kunnen een normale volwassen leeftijd bereiken (de oudst bekende patiënt is 87 jaar geworden), maar sterven vaak vroeger als gevolg van een luchtweginfectie, hartziekte of verstopping van de luchtwegen.