Patiënten met de ernstige vorm van mevalonaatkinasedeficiëntie hebben grote hoeveelheden mevalonzuur in hun urine (vandaar de naam mevalonacidurie). Deze stof kan worden gevonden met een analyse van organische zuren in de urine. Het meten van mevalonzuur is bij patiënten met hyper-IgD-syndroom niet altijd van diagnostische waarde, omdat zij een veel lagere hoeveelheid mevalonzuur in de urine hebben, zelfs tijdens koortsperioden. De beste diagnostische test is het meten van de enzymactiviteit van mevalonaatkinase. Dat  kan gemeten worden in witte bloedcellen. Bij mevalonacidurie is de enzymactiviteit bijna niet te meten en bij hyper-IgD-syndroom is de restactiviteit van het enzym 2-8%. Daarna kan het MVK-gen geanalyseerd worden voor de genafwijkingen die mevalonaatkinasedeficiëntie veroorzaken. In Nederland zijn bepaalde mutaties geassocieerd met hyper-IgD-syndroom.

Prenatale diagnose is mogelijk door een vlokkentest of vruchtwaterpunctie in families die eerder een kind met mevalonaatkinasedeficiëntie hebben gekregen.