Sulfiet oxidase deficiëntie is niet te genezen. Er is momenteel ook geen behandeling die de symptomen volledig kan bestrijden. Toch kunnen sommige patiënten baat hebben bij een laag methionine / cysteïne dieet (methionine en cysteïne zijn aminozuren die voorkomen in eieren, zuivelproducten, vis, vlees). Daarnaast kan Cysteamine helpen om het overschot aan sulfiet weg te vangen. Thiamine (vitamine B1) wordt gegeven om tekorten te voorkomen. Recent is gevonden dat sulfiet er voor kan zorgen dat de patient een tekort krijgt aan pyridoxine (vitamine B6); behandeling hiermee is dus geindiceerd. Er zijn aardige resultaten geboekt in de behandeling van epilepsie met het medicijn vigabatrine. Verder is de behandeling er op gericht om het leven van de patiënt zo aangenaam mogelijk te maken.
Voor de meeste patiënten is de levensverwachting slechts enkele jaren. Een enkele patiënt wordt ouder en kan de leeftijd van 10 jaar bereiken.